清兵占领北京后，一批汉族官绅纷纷南下，遂在江南一带形成了以汉族大地主阶级为主体的政治中心，史称南明政权。1644年5月，崇祯帝的从兄福王朱由崧由凤阳总督马士英等人拥戴，在南京称帝，建元“弘光”。弘光政权建立于危难之际，寄望于南方各拥有重兵的将领维持江山，于是封郑芝龙为“南安伯”，他手下的将领也各有升迁，施琅遂任副总兵。

“生于忧患，死于安乐”，这句话对弘光小朝廷来说是最恰当不过了。弘光政权建立后，没有制订出正确的对付清政府和农民军的策略，而是一厢情愿地想“借虏平寇”，竟天真地遣使赴北京“酬虏通好”，遭清政府断然拒绝。然而，弘光政权毫无警醒，满足于偏安江左，满足于江南富庶的物质生活，享受灯红酒绿、纸醉金迷的生活，其腐朽程度较之崇祯时期有过之而无不及，统治阶层内部矛盾也日趋尖锐。弘光小朝廷大肆勒派军饷，增加赋税，甚至公开卖官，贿赂公行，政治腐败到极点。第一个南明政权建立不到一年，即宣告灭亡。弘光帝逃往芜湖，很快被俘获。马士英、阮大铖逃到杭州，未及逃跑的许多南明官僚纷纷投靠清王朝。

弘光政权灭亡后，在福州又出现了第二个南明政权，即隆武政权。1645年的闰六月初六，唐王朱聿键由“南安伯”郑芝龙等迎入福州。次日，正式就任监国；不久后，又在臣僚的拥戴下于闰六月二十七日即皇帝位，纪元从七月初一起改称隆武元年，以福州为临时首都，政府名为天兴府，以原福建布政使司作为行宫。这就是南明史上第二个政权，史称“隆武政权”。由于此政权为郑芝龙所拥戴建立，因此郑芝龙被晋封为平虏侯，很快又被封为平国公。随着郑芝龙的位高权重，施琅再次得到升迁，被提拔为佥都督，担任左冲锋，其弟施显也被授予锦衣卫仁武营将领之职。

接连得到升迁的施琅，一方面感激郑芝龙的知遇之恩，另一方面也希图建功立业，有所作为，以遂平生之志。然而，为攫取更大的权利，郑芝龙竟拥兵自重，挟制朝廷，无意进取。首席大学士黄道周对郑芝龙拥兵观望十分愤慨，自告奋勇督兵福建，联络江西，援救徽州、衢州一带的义军，欲为隆武政权打开局面。1645年7月22日，黄道周率领勉强拼凑的三千多士卒踏上征途，_0292_0但掌握兵马钱粮大权的郑芝龙却只拨付一个月的粮饷。师出不久，兵饷无继，黄道周只好凭自己的声望和书法，亲笔书写委任状，沿途召募一些忠勇之士。黄道周虽也读过一些兵书，还曾为《广百将传》做过注，但却只是纸上谈兵，未曾亲历沙场。部下兵将大抵是应募而来，缺乏作战经验，仅凭一腔热血奋勇向前。施琅当时充当其偏裨，随同黄道周出征，凭其独到的军事眼光，施琅认为依靠这样一支队伍同清朝正规军作战必败无疑。据李光地的《榕村语录》记载，施琅曾向黄道周“献奇策”，提出遣散所招募来的福建沿海地方之兵，只带少数精兵强将由小路直接进入赣州，以首席大学士督师的名义节制和调遣南赣、湖广、广东、广西等地总督、巡抚、总兵，会师进取。此时的施琅已经能够用战略的眼光来看待与清军的战争，第一次显示出军事方面的高瞻远瞩和深谋远虑。但是，黄道周为人迂执，不达权变，施琅之计未被采纳。不愿陪着送死，施琅径自返回福建，随施福退守于分水关。黄道周一意孤行，鼓勇率部与清军对垒，很快战败被俘，守节不屈而亡。

就在施琅退守分水关之时，福州的隆武政权又一次面临灭顶之灾，而一手酿造这灾祸的正是郑芝龙。

1646年初，建立才半年的隆武政权外有清兵大军压境之患，内有争权夺利之忧。更为严重的是，手握重兵的郑芝龙为了保存自己的实力，在乱世之中既能求得生存，又可保住富贵，竟然无意抗清。为了摆脱郑芝龙的控制，隆武帝朱聿键曾打算以御驾亲征为名，离开福州到江西。但郑芝龙为挟天子以自重，不愿失去这个傀儡皇帝，于是下令几万军民长跪于道，阻止隆武帝离开。之后，郑芝龙见南明政权大势已去，遂动了降清的念头。顺治三年（南明·隆武二年，1646年）五月，早在1642年就已降清的洪承畴，向清朝的征南大将军贝勒博洛提出了招降郑芝龙的建议。洪承畴（1593～1665年），字彦演，号亨九，福建南安英都霞美乡人，原为明朝经略大臣，被清军俘获后，先是坚拒不降，后为皇太极的诚意打动而归顺。在得到清廷的同意后，洪承畴和晋江人、福建御史黄熙胤联名写信劝郑芝龙降清。六月，清军进逼福建时，接到劝降信的郑芝龙已决意投降，于是郑芝龙、郑芝豹兄弟拥兵不进。八月，郑芝龙把有着五百多艘战船的水军全部撤回晋江安平，并将驻守在分水关的施福和施琅的部队调回。镇守仙霞关的郑鸿逵闻讯逃窜，清兵即以迅雷不及掩耳之势攻陷其地。仙霞关乃福建之门户，地势险要，此处一失，清军遂长驱直入，直捣福州。隆武帝匆忙逃到汀州，被俘后绝食死于福州，又一个南明政权灭亡了。

1646年九月，征南大将军博洛派遣泉州绅士郭必昌为信使，去安平招抚郑芝龙，许诺任用郑芝龙为闽粤总督。郑芝龙大喜，遂决意降清。江日升在《台湾外纪》中有这样一段叙述：郑成功闻知郑芝龙将降清之讯后，急忙赶来劝阻，他痛哭着对父亲说：“夫虎不可离山，鱼不可脱渊；离山则失其威武，脱渊则登时困杀，告父当三思而行。”但郑芝龙不顾郑成功苦谏，仍决定于十一月北上福州降清。临行前，他再次派人到金门，劝郑成功一同降清。郑成功带信给父亲，信中写道：“从来父教子以忠，未闻教子以贰。今吾父不听儿言，倘有不测之祸，儿只有缟素而已。”郑芝龙无奈，只好独自率兵前往福州投降。

郑芝龙在前往清营投降时，深具戒心，为防不测，亲自“挑选好汉盔甲鲜明者五百人随从”。施琅当时已是总兵，年轻力壮，武艺高强，被选为随行人员；作为郑芝龙的心腹大将，施福也随同前往。

顺治三年（1646年）十一月十五日，郑芝龙率领心腹部将五百，分乘五艘战船抵达福州，谒见贝勒博洛。博洛做出一副仰慕已久状，对他大加赞赏，还折箭为誓，许以重用。然好景不长，春梦易醒。欢宴三日之后，博洛忽在半夜传令拔营回京，命郑芝龙随军北上。郑芝龙心知中计，但已是羊入虎口，随身所带士卒又被安置于别营，孤身一人只好听凭博洛摆布了。“神龙失势，与蚯蚓同”，不管郑芝龙在东南海面是多么大的一条巨鲸，一旦离开了战舰精兵，顿时成了失水之鱼。郑芝龙委婉地向博洛求情，表示就他个人而言既然已经归顺朝廷，进京“面圣”正是自己的愿望，不过留在福建沿海的长子和兄弟拥有相当兵力，自己一旦进京，呼应不灵，恐怕海上从此多事。然而，在博洛看来，只要掌握了郑芝龙，郑氏家族必然群龙无首，何况即使为郑芝龙的安全着想，也必会惟清廷之命是听。因此，博洛让郑芝龙当面写了几封信，借以招抚郑氏子弟和部将，随后便挟持着郑芝龙上京去了。可惜郑芝龙商人似的精明，最终落在老谋深算的博洛手中，为史所笑。

在清军的严密监护下，郑芝龙到了北京，虽然清廷授以官职，实际上却如笼中之鸟，被软禁了起来。就是在此情况下，施琅随郑芝龙无可选择地投降了清朝。

郑芝龙于顺治三年十一月十五日北上福州降清，十一月三十日清兵攻占安平。江日升的《台湾外纪》描述了清军占领安平后的情景。凶残的清兵在安平烧杀奸淫，安平镇十室九空，鸡犬不宁。郑成功的母亲翁夫人(田川氏)未及逃走，担心受辱，遂切腹自尽。消息传出后，郑成功既愤父亲的降敌，又痛母亲的惨死，国破家亡，遂决意投笔从戎。

1624年出生于日本平户的郑成功原名郑森，系郑芝龙与日本女子翁氏所生。明崇祯三年（1630年）十月，七岁的郑森回到晋江安平，随即“延师授学”，因其聪慧活泼，读书颖悟，才思敏捷，甚得师友喜爱。八岁便通晓四书五经，十岁时就能写八股文。崇祯十七年(1644年)，郑森二十一岁，以榜首进南京国子监太学，所著文章立意高远，词藻华丽典雅，并常于学习之余舞剑学射。郑芝龙喜出望外，想利用手中权势为儿子买个状元。郑森知道后又气又羞，对父亲说：“为国为民做事，要靠真正的本领，我不做欺世盗名的事！”在南京，郑森师从儒学大师钱谦益。

清顺治二年（南明隆武元年，1645年）八月十四日，郑森在郑芝龙的引荐下朝见了隆武帝。《台湾外纪》中记叙了郑成功初见隆武帝的经过。面对隆武皇帝的问话，郑森引用岳飞的话，应声答道：“文不贪财，武不怕死，江山可保矣。”隆武帝见郑森气宇非凡，言语明朗，甚奇之，对他说：“惜无女配卿，卿当尽忠吾家，无相忘也。”遂赐郑森国姓朱，改名成功，不久又封其为“忠孝伯”，任命为御营中军都督，并赐予尚方宝剑，仪同驸马都尉。从此，世称郑成功为“国姓爷”，时年二十二岁。受此厚待，郑成功内心深感震动，于是以匡复明室为己任，效忠天朝。

郑芝龙降清时，郑成功痛哭劝谏而无果，只得离去，在叔叔郑鸿逵帮助下秘密前往厦门。郑芝龙被胁迫北上后，清军又迫降郑成功。郑成功不肯屈节污名，为明志，他在南安丰州的孔庙，焚烧了象征书生身份的儒衣青巾，并言：“昔为儒子，今为孤臣，向背去留，各行其是，谨谢儒服，惟先师昭鉴之！”长揖而去。1646年（顺治三年）十二月，郑成功率领陈辉、张进、陈霸、洪旭等愿从者九十余人，分乘两艘战舰入海，树起“杀父报国”义旗，招兵买马。不久郑鸿逵、郑彩也各率所部追随郑成功入海抗清。[1]

在明朝，儒家思想的教育尤以忠君为先。郑成功自幼习儒，参加过乡试，进过太学，可以说忠君思想在他的头脑中根深蒂固，隆武帝对他的恩遇更使他感到“粉身难报”，产生了鞠躬尽瘁、死而后已的报国之心，即使那是萎靡不振的南明小朝廷。因而他不愿与父同行，独自走上了一条布满荆棘的坎坷之路。

关于施琅跟随郑芝龙降清，从他的个性和史料来分析，可以说是命运使然，也可以说是时势弄人。施琅虽然读书不多，但主动降清的可能性不大。事实上，在随郑芝龙降清之前的那段时间，施琅一直在参加抗清斗争。郑芝龙是顺治三年十一月降清的，而顺治二年的七月，施琅还随黄道周赴江西抗清，直到顺治三年五月，施琅仍率兵驻守闽境。不过短短数月间，施琅便随郑芝龙降清了。个中缘由关乎施琅的品行操守，因而引发史家聚讼。

首先，施琅少时受业于私塾，接受儒家思想教育，从小即有忠孝情结，并影响其一生。可以说，成年后的施琅行为的出发点均是基于忠君思想和孝悌观念。郑芝龙乃郑军主帅，施琅作为郑军的一名总兵，随郑芝龙转战各地，在他心目中，听命于郑芝龙乃是其本分。

其次，施琅成长于明末清初动荡时代，政权更迭频繁，先是明朝，之后是李自成的“大顺”政权，明朝灭亡，清军入关，最后是南明小政权。当时的中国局势混乱不堪，社会思想意识形态也较为混乱。他所眼见的只是政权的更迭所导致的战火纷飞，百姓深受其祸。对于年轻的施琅来说，明朝的专制残暴及不断的战祸使他的家庭陷入贫困，在他的思想中既无明朝政权的至上，感情上也未体会到明朝政权的亲切。至于北方的大清，施琅就更无感情可言，他的降清与清廷毫无关系。这个时期的施琅在思想意识中，“忠”即是效命于军队统帅郑芝龙，因而此次降清实为一种无从选择的追随。

第三，当初施琅依其叔施福投于郑芝龙旗下，很快为郑赏识和提拔，施琅得以掌握兵权，有了独立率军作战的机会，以及展示自己军事才能的舞台，地位也得到提高。俗语云“滴水之恩，当涌泉相报。”何况施琅所受乃知遇之恩，这对素重知恩图报的施琅来说，自是难以割舍。施琅跟随郑芝龙投降清军，以及后来又追随郑成功反清（尽管有诸多原因），都与他对郑氏的报恩之心有很大的关系。

纵观施琅的成长经历、性格以及思想意识的形成，可以肯定地说，当时的施琅并不具备明确的政治理念，心中谈不上国家、民族的概念，也不存在如同前朝旧臣那样的道义和情感负担，更没有也不可能有上升到民族概念的精神追求，朝廷之于他遥远而神圣，不同的朝廷无论从概念上还是从感受上都是大同小异的。

[1] 此事见于乾隆二十八年《泉州府志》卷四十《封爵·郑克塽》。此外，《梨洲遗著汇刊》所收托名黄宗羲作《郑成功传》中亦有类似记载。