施琅降清后又反清，反清后再降清，有人认为他是个反复无常的利益小人，据此断定施琅的品质恶劣、道德低下。这种评价既脱离了特定的历史条件和对人情人性的理性分析，又缺乏对施琅个人性格、思想形成的了解，显然有失公允。施琅之首次降清，乃是奉郑芝龙之命，并无太多自己的主观愿望，也无所谓为贪图个人功利之念，与其品德高尚与否无涉。施琅再次降清，则是因为郑成功完全断绝了与施琅和解的可能，杀其父弟已使施琅与郑成功成为不共戴天之仇敌。为报仇雪恨，他降清也属人之常情，因而施琅的第二次降清属于被逼上梁山，与个人品德问题无涉。更何况施琅出身卑微，自幼饱受战乱之苦，除去建功立业、封侯拜相这些正常追求以外，他最高尚的追求无非就是希望百姓早日结束离乱之苦。倘若认为施琅在明知郑成功必杀之的情况下，仍须为忠主而不降清，坐待屠戮，那更是不切实际且不人道的看法。而以此认定施琅的品德低下，当然是苛责。

郑成功自起兵竖旗抗清以来，经大小战役百余次。在艰苦的征战中，郑成功虽然每每以褒奖来鼓舞斗志，但其执法严峻，“果于诛杀”，常以杀立威。被郑成功诛杀的部将，单单在《先王实录》中记有姓名的就多达七十余员，有的还祸及妻儿并全家。被诛杀者，除了有几起定为贪污罪外，其他多是战场上“怕死不前”的，有的的确该杀，但像杀施琅之父弟这样的冤案、错案并非绝无仅有。据阮旻锡《海上见闻录》记载，郑成功“用法严峻，果于诛杀。府尹杨朝栋以小斗散粮，杀其一家；又杀万年县知县祝敬，家属发配。”这种轻率的祸及无辜的做法，无疑在郑成功伟大的一生中留下了瑕疵。杀害施琅之父弟可谓郑成功一生中最大的错杀案，盛怒之下不计后果的行为，使郑成功不但失去了施琅和施显两员战将，还为自己树了强敌，留下后患。

郑氏家族依靠海上活动起家，清军不习海战，这是郑军能够长期活跃于东南沿海的重要原因。然而，由于郑成功处置失当，导致施琅这样一位杰出的海军将领投入清廷怀抱，使清廷能够建立一支足以同郑军相抗衡的水师，对后来收复郑氏家族长期据守的台湾起了至关重要的作用。

施琅二次降清，可以说既是施琅的悲剧，也是郑成功的悲剧。但于民族的统一来说，显然就不能用这一感念来表述了。千秋历史，功过是非，自有后人评说。