施琅满怀复仇雪恨的强烈愿望，枕戈以待，但天意难测，却受到清廷的无端猜忌，被解职遣返回泉郡。黄梧降清，给施琅带来了转机，施琅自此走上清朝的历史舞台。这期间郑成功挥师北伐，南京城指日可待，不料却功亏一篑。清军尾随而至，即将展开一场海战。

施琅降清后，被派驻于同安。他的心中燃烧着复仇的怒火，时刻准备率军冲向厦门，以雪心头之恨。然而，施琅并未得到重视，而且由于清廷对郑军策略发生了变化，施琅急于报仇雪恨的愿望落空了。

此时，一些明末农民起义军余部组成的抗清队伍，在西南部十分活跃。他们与郑成功遥相呼应，频频进攻清军，并连战连捷，势力渐壮。清顺治八年（1651年）十二月，郑成功重占漳浦，并攻下诏安、平和两县。同月，为了增加军饷，扩充实力，郑成功接受参军冯澄世的建议，以晋江县安平为主要贸易港口，与日本通商，并联通吕宋、暹罗、交趾等国海上贸易交通线，开始大规模发展海上贸易。次年（1652年）正月，郑成功攻入海澄，二月又取长泰、平和、诏安等县。五月，清军水师进攻厦门，郑成功令陈辉督水师迎战，两军遇于崇武，清军战败，弃船登岸遁走。

漳州位于福建东南部，东濒台湾海峡，与厦门隔海相望，从东北到西北与泉州和龙岩相接，西南与广东的汕头毗邻。如今台湾人口中三分之一的祖籍在漳州，是侨、台胞寻根谒祖之地。漳州西北多山，东南濒海，雨量充沛，四季常青。据考证，早在1万年以前就有先民在这里生息，周划为七闽地，秦属闽中郡，唐垂拱二年（686年）始建州治于漳江之畔（今云霄境内），故名漳州。唐贞元二年（786年）迁至今址。明代曾是对外贸易的重要港口。

从四月开始，郑军进攻漳州，清军总督陈锦赴援，战于江东桥，陈锦败退同安，郑成功遂围漳州城达六个月之久。漳州城内食尽，人相食，尸体枕藉，军民死亡数十万。九月，清都督固山金砺率领浙江、直隶八旗满兵及汉军共万余骑驰援漳州，兵至泉州驻扎，郑成功方撤离漳州。顺治十年（1653年）五月，清将固山金砺率师围攻海澄，郑成功身当矢石，战况惨烈，城破百余丈，积尸填河，清兵大败而退。六月，永历帝晋郑成功为漳国公，又封为延平王。郑成功修筑海澄城，巩固据点。七月，与清兵战于崇明之平阳沙，于舟山击败清军。

这一时期，郑成功为壮大郑军战斗力量奠定了坚实的基础。

清军对郑成功屡剿不利，而西南地区的抗清武装在李定国等人的率领下，又与郑军遥相呼应，不断挫败清军，取得了一系列战役的胜利。鉴于此，为瓦解郑成功的抗清武装，以利于彻底扑灭西南、东南两地的抗清战火，清政府开始考虑采用剿、抚并用的办法，改变了对待郑成功一味进剿的策略。

据《郑成功档案史料选辑》之《密奏招抚郑成功稿》记载，顺治九年（1652年）的九月，有廷臣向顺治提出招抚郑成功的建议：“成功等作贼既久，狼子野心，臣等非敢保其不变，亦难必其就抚。但今湖南、川、广处处用兵，力不暇及。且湖南之贼，或由江西，或由广东，皆可通闽，万一勾连狂逞，为祸愈大。故姑以招抚一策，先将此贼牢笼，息兵养民，察其动静，苟有反侧，仍即剪除。”顺治采纳了这个建议，随即敕谕浙闽总督李永泰，命他着手招抚郑成功。《郑成功档案史料选辑》之《敕谕刘清泰招抚郑成功等稿》记载，顺治皇帝曾说：“朕又想郑芝龙既久经归顺，其子弟即我赤子，何必征剿？若成功等来归，即可用之海上，何必赴京？”为表明和谈诚意，清廷先后采取了一系列措施。顺治十年（1653年），清廷封郑芝龙为同安侯，命郑芝龙派家人送海澄公敕印入闽，招郑成功降，并有福建总督刘清泰附书，保其安全。不久，清廷又派郑成功之弟郑世忠持郑芝龙书信前往劝降。

从斗争策略的需要出发，郑成功遂同清廷虚与委蛇。起初他借口福建巡抚张学圣曾袭占厦门，制造事端，受抚难以服众；接着又提出就抚条件，反复以清朝对待投诚之人不能善待始终为由，坚持必须有三省之地安插军队，方才与清廷商谈投降事宜。

急于从东南地区抽调兵力以进剿西南地区之抗清武装的清廷，为使郑成功尽早来降，下令逮捕了偷袭厦门的福建巡抚张学圣、总兵马得功等人。同时，因安平靠近厦门，清廷为进一步表示诚意，又撤掉了安平驻兵。《襄壮公传》中说：“公（施琅）驻安平，方枕戈谋复仇，值当事有异议，撤安平兵。”安平驻军被撤后，原驻守安平的郑芝豹被勒令回京，施福也被撤去职务，就此失去了眷顾施琅的能力和条件。

从以武力进攻为主，转变为以和谈招抚为主，清政府对付郑军的策略一变化，使施琅急于报仇雪恨的愿望落空，他无奈地离开可以直接与郑军作战的安平，于顺治十年随清军入粤，征剿西南各地的抗清武装。

开赴广东，再次来到了潮州这个当年受辱之地。不过此次前来，施琅已身着清军制服，随同的是浩浩荡荡的清军铁骑。清军此次南下，征讨的对象是施琅的冤家对头郝尚久。早在顺治六年（1649年），跟随李成栋反清的郝尚久图害施琅，在那次战役中，致使施琅的两位从弟战殁，施琅亦几为所害。顺治七年，施琅奉郑成功之命攻打潮州，再次与“不清不明”的郝尚久交锋。而郝尚久恃地形之利，施琅连攻三日不下，因而遭到郑成功的讥讽与奚落，使施、郑结怨加深。也就在那个时候，郝尚久又投降了清朝，但到了顺治十年的三月，他又再次反清归明。因此，清政府在与郑成功达成暂时的和谈协议后，遂遣师会剿郝尚久。

施琅跟随靖南王耿继茂等对潮州展开了猛烈围攻，潮州城岌岌可危。万般无奈之下，郝尚久急忙遣使向郑成功求救。郑成功闻知消息，即派遣北镇陈六御率兵赴援。可当郑军来援之时，郝尚久却因过去与郑成功之间产生过激烈的争斗而心存狐疑，不敢打开城门迎接援兵。郑军赴援不成，陈六御遂率兵退走。在清军强大的攻击面前，潮州城破，郝尚久走投无路，投井而死。

攻破潮州城后，施琅又随军征讨李定国等抗清武装。顺治十一年的上半年，西南抗清将领李定国出师东征，连破高州、廉州、雷州等地，同时遣使约郑成功南下会师，共图收复新会城。清政府手忙脚乱，急派固山金砺为靖南将军，统官兵赴广东，会同平南王尚可喜、靖南王耿继茂和总督李率泰合力剿讨。十二月，驰援的清军打败围攻新会城的李定国，接着又先后于兴业、横州等地再败李定国的部队。李定国撤退至南宁，清军继续穷追不舍，于是高州、廉州、雷州等地又被清军攻陷。

此时的郑成功趁清军集中力量对付西南的反清武装，而清廷与自己和谈之机，分遣郑军至福建沿海各地筹措粮饷。顺治十一年（1654年）十二月，郑成功率部攻漳州，守将刘国轩献城归降，漳州所属十余座县城尽皆归郑。在这一时期，郑成功的最大收获就是得到了刘国轩这名得力战将。后来，刘国轩战功显赫，颇似当初的施琅，成为郑氏家族的擎天支柱。紧接着，郑成功又抓住时机，转攻泉州所属诸邑，同安、南安、惠安各县望风迎降。独泉州一城，郑军无法攻陷。据《台湾外纪》所载：“诸邑惊惶，咸归附焉。而泉属诸邑亦望风投降，独泉州城守韩尚亮与施琅结为刎颈之交，即教其开壕筑台，拥兵坚守。成功令人说之不下。”原来，施琅在降清后，因闻泉州参将韩尚亮乃逸群才俊，不愧名将之风，遂与之深相结纳。施琅熟知郑成功曾多次兴兵围攻泉州，于是预先教给韩尚亮守战之法，以防备郑军进攻。当郑军于顺治十一年底围攻泉州时，集中了不少兵力，使用了当时所拥有的各种攻城器械和武器，但韩尚亮在兵力薄弱的情况下仍能固守孤城，使郑军知难而退，其中重要的原因之一即是得力于施琅的传授。由此可见，施琅降清以后，马上就积极投身于对付郑成功的活动之中，而且发挥了较大的作用，郑成功开始为他的错误付出了代价。

郑成功的一系列胜利，使清廷大为震惊，特遣内院学士叶成格、理事官阿山，偕同郑芝龙的四子郑渡，奉敕命入闽，招降郑成功，并决定答应郑成功的条件，将漳、泉、潮、惠四府划拨给郑成功安屯兵将。然而，此时的郑成功却再也无心与清廷周旋，故多方刁难，致使招抚不成，清廷迁怒于郑芝龙，将他囚禁起来。

顺治十二年（1655年）正月，郑成功攻下仙游县后，整编部队，开始以大规模海上贸易养兵自给。至此，郑成功的实力达到了空前的强大，军威盛极一时。