经此教训，清廷终于认识到郑成功非疥癣之患，更不可抚，于是命郑亲王世子济度为定远大将军，率三万满汉兵入闽，攻伐郑成功。然而，清政府并没有起用对郑成功甚为了解、又与郑成功有着不共戴天之仇、时刻盼望着统兵前去复仇的施琅，因为当时的清廷对施琅存有猜疑，不信任他的能力，更不信任他对朝廷的忠诚。

在征剿与郑军有密切关系的李定国抗清武装的活动中，施琅怀着复仇的强烈愿望，在长达一年多的征战过程中努力表现自己，卓有功绩。但两广战事结束后，顺治十二年（1655年）的二月，施琅就被解职，闲居于泉州。

其实根据当时的情况，清廷存疑于施琅也是很自然的。

施琅前后两次降清，易被认为是反复无常之人，清政府难免会对其产生猜疑。顺治八年（1651年）的三月，施琅在重新夺回厦门一役中，曾在阵前斩杀马得功之弟，马得功因而怀恨在心，伺机报复。顺治十一年八月，清廷招抚郑成功失败，马得功复任泉州总兵，十二月升任左都督，充任福建随征中路总兵。可以想见，马得功的复出并受到重用，使施琅陷入更加困难的境地。特别是由于施琅族叔施福原来不仅是郑芝龙的部将，而且还是其心腹亲信。郑芝龙于顺治三年降清后被挟持北上，实际上成为笼中之鸟。到了顺治十年（1653年）五月，清政府为了与郑成功进行和谈，始封郑芝龙为同安侯，但仍对他实行严密监视，郑芝龙与在闽眷属及家人的联系来往都须经清政府的许可和检查。施福与郑芝龙关系密切，他随郑芝龙降清后，却于顺治六年投归郑成功，后来又再次降清，清廷已对他不再信任。安平撤军后，施福无事可为，于顺治十一年（1654年）六月进京看望郑芝龙，翌年二月返回福建。这原本是人之常情，但清政府却视施福此行为严重事件。顺治十二年六月初五，兵部尚书李际其题《为盘获郑鸿逵家人李信吴梓事本》中称：“施福乃伪武毅伯，不知何时入京，现在郑芝龙左右。京城何地，岂能容此奸宄之徒藏匿耶！”其时施福已经降清，他做武毅伯是降清之前的事，而且他入京看望郑芝龙时，郑芝龙尚为清廷之同安侯。施福此行本无可厚非，却不料引起清廷的严重关注，并因此成为被通缉的钦犯，足见清廷对郑芝龙及其原部下的猜疑之深、防范之严。尽管施福已返回福建安海，清廷仍严令福建省督抚缉拿，逼迫施福为逃避清廷的追捕遁入厦门。

施琅于顺治十二年二月离粤返闽，回到泉郡不久施福就被通缉。施琅与施福“分则同宗，情同骨肉”，而且两人过去长期共事，施琅在《武毅伯特进光禄大夫加太子太傅忠将军X（左亻右外门内月）父公行略》中说“凡叔提兵征战，余未尝不在行间”，尤其是自顺治八年始，他俩同驻安平，朝夕相处。清廷对施琅、施福之间的密切关系当然清楚，因而施福的潜逃势必累及施琅，何况施琅原本就是郑芝龙的部将。当初施琅为躲避郑成功的追捕，逃离厦门进入安平，曾得到郑芝豹的眷顾。郑芝豹原已降清，但在顺治十二年的二月，只因他是郑芝龙的弟弟、郑成功的叔叔，清廷将其押解回京并囚禁起来。施琅与郑芝豹的关系也为清廷所顾忌。

施琅身怀血海家仇，渴望纵横沙场，但又苦于进身无门，时常郁郁寡欢。《襄壮公传》记载，施琅在泉州的一年多的时间里，施琅潜心读书，广结贤士。有位隐居儒者杨锡璜十分看重施琅的才略，遂结为忘年之交。又据《襄壮施公传》记载，施琅常与士大夫交往，一次相约同游清源山，至一山岩前，众人文兴大发，纷纷题词，施琅即兴凿石联句：“海静分明水月，山高咫尺神仙。”由此可见，施琅虽遭猜疑，却依然矢志不改。施士伟评价此联“有澄清沧海之志”。此联今仍存于泉州清源山之清源洞旁。

功夫不负有心人，机会终于给了一直在苦苦等待的施琅。有人向朝廷大力举荐他，更加出人意料的是，举荐施琅之人竟然也是降清的郑军将领，此人名叫黄梧。事实上，黄梧降清与施、郑矛盾有关，江日升在《台湾外纪》中详细叙述了此事。

顺治十二年（1655年）八月，郑成功派黄廷、万礼统领苏茂、林胜等二十余镇将领、兵丁六、七万，南征广东潮州府属揭阳县城。平南王尚可喜、靖南王耿继茂、两广总督李率泰统兵大举来援。十二月，清军在揭阳附近扎下四大营盘，待机而动。双方相持到顺治十三年（1656年）二月，黄廷召集诸将商议作战机宜，左先锋苏茂积极主张进兵决战，并自告奋勇打前阵。黄廷采纳了苏茂的建议，出城决战，由苏茂任前锋，前冲镇黄梧、护卫左镇杜辉等接应。当苏茂率部出击时，遭到清军伏击，苏茂临危不惧，冲入敌阵，挥刀直劈横砍，身上多处受伤，仍力战不退，等候黄梧等来援，对清军实施夹攻，或可反败为胜。然而，郑军将士越来越少，清军越来越多，仍不见黄梧等援兵，苏茂率残部杀出重围。此时，黄梧等人方才翻越狭窄难行的小道前来接应，而清军却挟得胜之势，蜂拥而至，黄梧等人抵敌不住，被清军打败，郑军此战全面失利。

郑成功得知揭阳战败，下令放弃该地。三月，黄廷领南征将士回到厦门。郑成功立即召集文武官员，议商揭阳丧师之罪。郑成功提出，苏茂轻敌致败，黄梧、杜辉未及时应援，均当处斩。众将跪告求情，才仅斩苏茂，杜辉捆打六十棍，黄梧寄责，戴罪图赎。

郑成功御将之道以严著称，由于过于严苛，往往失之于偏激。苏茂在揭阳战役中虽轻敌寡谋，但勇于进战，负伤突围，本应薄责示警，以观后效，但郑成功却决意将其处斩。其实郑成功早有杀苏之心，只是一直在寻机而已。顺治八年（1651年），郑成功在追捕施琅时，曾下令有藏匿施琅者杀其全家，而苏茂却胆敢藏匿施琅于家中，并助其逃离厦门。郑成功获悉后，并未加以惩处，让其继续担任左先锋镇，并不是当时未起杀机，而是出于稳定军心的需要，因为施琅、施显被囚禁后，郑军中多达十几位将领冒险营救，甚至郑成功的叔叔郑鸿逵、郑芝豹等人亦参与其中。若以放走施琅为由斩杀苏茂，势必使其他参与营救施琅者人人自危，甚至可能迫使他们铤而走险，或投降清朝，或举兵相抗。因此，为避免因小失大，郑成功不得不强压怒火，但始终怀恨于心，必欲杀之而后快。此番揭阳战败，正好给了郑成功杀苏茂的理由。然而，让郑成功始料未及的是，此次小罪大罚，斩杀苏茂，引起了一些郑军将士的不满。郑成功恐生内乱，急忙补救，不仅亲自撰文致祭，还厚殓苏茂，并优待家眷。然而后果还是出现了。

郑成功处死苏茂后，即派黄梧和苏茂的族弟苏明镇守海澄县。黄梧因思自己揭阳之役牵连受责，目睹郑成功之苛责重罚，便心怀二心，遂邀后冲镇副将苏明一同降清。苏明正为兄长苏茂被枉杀而怒气难平，闻听黄梧所言，正是“固所愿，不敢请尔”，欣然应从。1656年（顺治十三年）六月二十四日夜间，黄梧、苏明带领部下将官八十余员，兵丁一千七百余名投降，将海澄献与清廷。海澄之失，给了郑成功沉重的打击，不仅失去重要据点，而且损失了大量的军需物资。杨英《先王实录》叙述说，郑成功在得知黄梧等人献城降清，急忙亲自率部前往收取，却挽救不及，只得痛心地叹息道：“吾意海澄城为关中河内，故诸凡尽积之。岂料黄梧如此悖负？后将如何用人？”

黄梧投降清廷，让负责征讨郑成功的定远大将军济度和即将上任的浙闽总督李率泰兴奋不已。因为在这年的三月，济度统兵攻打厦门、金门，不仅未能攻克，反而损船折兵。沮丧之时，黄梧来降，使之不费吹灰之力即夺得了清军屡攻不下的海澄，这无疑成了他们的一大功绩。于是济度和李率泰联名上奏皇帝，建议封黄梧为海澄公。顺治接到济度等人的奏折后，也十分高兴，随即下旨重赏黄梧。八月十七日，清廷封黄梧为海澄公。

黄梧降清，对施琅来说不啻为一大转机。据《清史稿·黄梧传》记载，黄梧降清后，还未等到海澄公的官印送达，就急忙修书给总督李率泰，大力举荐施琅。他在给李率泰的信中写道：“施琅者，仇贼甚深，知彼知己，胸有成算。其输款本朝已久，一出受事，即着微劳，且智能无比，忠诚素矢。宜假以事权，俾尽展所长，与梧戮力驰驱，必能剪除海孽。”在黄梧看来，郑成功时而移师海上，时而登岸攻击，往来行踪不定，欲消灭之，非熟悉情形者不能。施琅对郑成功充满仇恨，对朝廷忠诚不二，施琅不仅知彼知己，而且才智超群，如能启用施琅，和他一起为朝廷效力，定能剪除郑军，安宁海疆。

正是由于有黄梧推荐于前，济度、李率泰保举于后，施琅才改变了其“郁郁不得志”的命运，顺治十三年（1656年）八月，施琅被任命为同安副将，命运之神再一次眷顾了这位卓尔不凡之人。施琅开始有了崭露头角的机会，此后在与郑军的斗争中，施琅逐步获得清廷的信任，最终获得专征台湾之权，并一举平定台湾。施琅与郑成功不共戴天，因而殚精竭虑，矢志谋求报仇，直至灭掉郑氏方才甘心，现得清廷重用，郑成功最为担心之事已经不可避免。

黄梧降清，不仅使郑军丧失了海澄这一重要据点，而且又使郑军多了一个劲敌。黄梧而后又向清廷献“平海五策”，提出迁地禁海以困郑军，得到清廷的支持。顺治十三年（1656年）六月即颁布了“禁海令”，并派兵部尚书苏纳海到福建推动，致使郑军遭受沉重打击。有后人评说：“黄梧密陈平海之策，气死成功逼困郑经”。黄梧之降，直接起因是苏茂被斩，实则乃为郑成功与施琅冲突所致，是施、郑冲突所诱发的“后遗症”。郑成功为他所犯的不可原谅的错误再一次付出了惨重的代价。

施琅在担任同安副将之初，并未拥有多大的职权，尽管只是跟随在济度、李率泰的标下效力，听从他们的调遣，但毕竟开始迈出了通往成功道路的第一步。

郑成功率军进逼福州，济度遣军驰援时，副将施琅被任先锋。施琅终于得到了一次与郑军直接交战的机会，可惜尚未抵达，郑军闻清兵来援，即撤军至闽安镇、罗星镇。之后，施琅开始利用自己过去在郑军中的威信，对郑军将领进行招抚和劝降，颇见成效。

顺治十四年（1657年）九月，李率泰督清军攻闽安镇和罗星镇，施琅再次为先锋，率队前往作战。这两个地方是扼守福建省城福州的门户和要冲，地理位置十分重要，郑军筑城镇守。战斗从八日开始，十日，闽安镇被攻克。郑成功闻讯后，即率兵来援，郑军护卫前镇陈斌死守罗星镇，以待援兵。为赶在郑成功来援之前攻下罗星镇，施琅修书陈斌，劝其归降。陈斌率部困守四天之后，见援兵迟迟未至，又突围不成，遂率众而降。郑成功率军行于途中，得知陈斌已降，只得回师厦门。

据彭孙贻《靖海志》记载：“时施琅归清，为同安城守，在总督（李率泰）军前，使人招降陈斌。麾下兵皆欲降，斌遂降，后说李率泰，尽杀之南台桥，凡五百人。”李率泰听从了施琅的建议后，决定斩杀这批投军。施琅之劝杀陈斌，显然与施、陈之间的宿怨有关。顺治七年（1650年）六月，施琅因潮州一役浮桥不克而与陈斌结怨，七月，陈斌率兵逃走，不久后降清。顺治十二年，他又反清再归郑成功，被郑成功授为护卫前镇。陈斌当年出走，使郑成功怨恨并猜忌施琅，加速了施、郑关系的决裂。如此宿怨对施琅来说是不可能消除的。顺治八年（1651年）郑成功杀施琅父弟至今，已经整整六年，仇恨的火焰时刻在灼烤着施琅的心，复仇的情绪却无从宣泄。施琅在招降陈斌后，趁机劝说李率泰杀掉陈斌，一方面是报复陈斌，泄心头之愤，另一方面是以显自己与郑军势不两立、一心事清的决心。

一般来说，处死降将总不是一件光彩的事。其实，陈斌被处斩与作为这次战斗的最高首领李率泰有直接关系，弑陈斌以泄心头之愤不是他一时冲动。前一时期，由于郑军攻占了浙江沿海地区，身为浙闽总督的李率泰自然受到顺治皇帝处罚，罚俸半年。此番陈斌率部顽强抵抗四天，陷入孤立无援的绝境后才被迫投降，令清军付出巨大代价，这更让李率泰大为恼火。因此，施琅提出杀尽陈斌等郑军将士，正合李率泰之意，于是一场杀戮开始了。据《台湾外纪》记载，“总兵施琅遣人招斌。斌率卢谦等投诚，全师至福州。（率）泰令大厅按册内花名领赏，五人一队，从东辕门入，由西辕门出，即收其器械，枭首有千余人。”将陈斌、卢谦也一并杀之。

此事充分反映出施琅恩怨分明、睚眦必报，这种极端的表现难免私愤色彩。这样的个性也使他很难在选拔和使用人才方面做到惟才是举，一视同仁。那些令他心怀芥蒂而颇有才干的人难得真正重用。

经此一役，施琅恶气尽出，又使清军在郑成功回援之前即夺取了罗星塔，自然劳苦功高，被实授为同安副将，领军驻守同安，成为清廷派驻同安的最高将领。郑成功的抗清基地厦门，与同安相近，而被郑军占据的X（左氵右丙）州也与同安近在咫尺。施琅镇守一方，手握军权，这既表明清廷对他的信任，也使施琅有了直接与郑军交锋的机会。

施琅利用自己过去在郑军中的影响，大力实施招抚策略，果然在同安前线屡试不爽，不断有郑军将士应施琅之召来降。《襄壮公传》中记载：“公（施琅）运方略捍御，前后擒其骁将十数辈，所招降万人。贼由是气夺，而濒海获稍安焉。”

虽然施琅使郑成功连失海澄、闽安两个要地，但郑军力量尚未受到严重削弱。郑成功开始将战略重心转向北伐。在他看来，南京曾为明朝开国京城，第一个南明政权也定都于此，攻下南京并收复长江中下游各地，即可获得半壁江山，复兴大业也将由现在的出没海岛之间，转移到龙盘虎踞的石头城，明清相峙的局面也将大为改观。这就是郑成功等人发动长江战役的基本战略意图。

清顺治十五年（1658年）三月，郑成功命各镇舟师回厦门，在厦门港筑演武亭，精选良将锐卒，整编大军，训练营伍，筹集粮饷，准备大举进攻江南。五月十三日，郑成功留黄廷、洪旭、郑泰等镇守厦门，自率甘辉等部北征，举兵攻入浙江沿海，准备入长江，不幸在海上遇到飓风，沉舟舰五十艘，漂没官兵八千人，覆舟丧师，被迫撤退回厦门。但郑成功并未气馁，又于清顺治十六年（1659年）六月，亲率十七万水陆大军，兵分八十三营，开始第二次北伐。郑军在崇明岛登陆，一路势如破竹，各地官兵纷纷闻风而降。七月战至焦山，破瓜州，接着攻克长江的重要门户镇江，围困南京。这一事件极大地震动了朝野，顺治甚至准备御驾亲征，对郑军进行镇压。

然而，郑成功却没能抓住时机迅速攻取南京。瓜州、镇江两战大捷以及大批州县望风来附，使郑成功陶醉于眼前的胜利，认为南京指日可待，不费吹灰之力。此时，清军总督琅廷佐困守南京城内，无力抵抗，假意愿和郑成功谈判投降，郑成功误以为真，竟拖延了两个月之久，没有及时以全力攻取南京。统率盲目乐观的情绪也影响到整个部队的状态，大军久囤兵于坚城之下，将士们多以为大功即将告成，整日无所事事，竟遨游江上，日夜饮酒作乐，意志亦渐渐松弛。清将梁化凤趁郑军战斗力涣散之机，率兵从南京城内突然出击，郑军毫无戒备，全军大乱，纷纷溃退，郑成功的骁将甘辉被俘而亡。清军乘势大举反攻，郑成功立脚不住，仓卒退出长江，返回厦门。

郑军北伐失败，陆军损失近半，仅将领就战死数十人。回到厦门，郑成功认真总结北伐失利的经验教训，正待重整旗鼓，清军已尾随追击而至。为保存实力，郑成功一面调兵遣将，整编操练将士，一面征集粮饷，修造船只，制造武器弹药等，严阵以待。

在郑军北伐时，施琅趁厦门兵力空虚之机，多次主动出击，与留守厦门的黄廷交战，屡获战功。据《明清史料》福建巡抚刘汉祚上奏的《福建巡抚刘汉祚揭帖》所述，顺治十五年（1658年）六月，被施琅多次袭击而损兵折将的黄廷，抑制不住心中的恼怒，率二千余名郑军士兵，乘战船从小崎登陆。黄廷将大队人马埋伏于小崎，然后分兵一支直接进入同安，行诱敌之计。施琅识破了黄廷的计策，于是将计就计，先派兵百余名前去骚扰，缠住黄廷的主力部队，自己则率部以迅雷不及掩耳之势，歼灭了小股郑军，之后立即前去增援攻打小崎的部队，对郑军形成前后夹击之势。施琅因父亡弟殒而积攒了数年的怨气，在对郑军的拼杀中迸发出来，他杀入阵中，猛不可当。黄廷不觉心胆俱寒，不敢与之交锋，急忙下令退兵。施琅率军乘胜追杀，直抵海岸。郑军见形势急迫，争相上船逃命，慌乱中两船翻覆，船上郑军士兵尽皆淹死。这一战施琅大获全胜，斩杀无数，并缴获许多武器装备。

施琅在郑军中曾与两个人不睦，一个是陈斌，另一个就是黄廷。顺治八年，施琅与黄廷曾为部下兵丁的争吵而发生矛盾，并因此加深了郑成功对施琅的不满，后黄廷又奉郑成功之命，率兵包围施宅并将其逮捕。现今陈斌已死，施琅与黄廷分别驻守清、郑双方斗争的相邻阵地同安和厦门，并且均为主将，正所谓冤家路窄。黄廷愤施琅以前擒杀自己的部下官兵，不顾厦门因郑成功北伐而兵力空虚，竟亲自率兵上岸袭击同安，却又一次损兵折将，败于施琅之手。施琅凭其勇猛善战，屡败黄廷，既尽了同安副将之责，也泄了心中之恨。

施琅还利用郑军北上内部治军松懈之机，大事进行招抚活动，以瓦解郑军的力量，收效明显。据刘兴祚上奏的《福建巡抚刘汉祚揭帖》称，顺治十五年（1658年）六月二十一日，据同安副将施琅报：伪正兵镇左营都督佥事郭禄、游击陈昌、黄贤、伪援剿后镇副中军参将吴升、伪五军效用守备许壮、伪木武镇中军游击林胜，前来投诚。七月初二，又据施琅报称：招到伪副将王仕璋自中左携家眷，并都司王旭、家丁曾唐等共七名前来投诚，缴到伪怀远将军印一颗、伪总兵关防一颗、伪牌一张等情。……七月二十五日，又据施琅报：伪后提督下领班都司王兴国、伪援剿左镇右营下总班守备吕春，前来投诚。

郑成功北征失败，实力大损，被迫退回厦门。清政府决定乘胜追击，企图在郑军喘息未定之机，攻取厦门，一举消灭多年来的心头大患。顺治十六年（1659年）十月，福建总督李率泰亲临沿海各地察看形势，施琅、黄梧陪同巡视同安、浔美等各进攻厦门的前沿阵地。顺治十七年（1660年）三月，清宁南将军达素率兵至泉州，调集各路人马，催促船只，配备兵员，准备攻厦战役。

此时，西南抗清武装大势已去，郑军在进攻南京时又遭受惨败，整个抗清形势转入了低潮。郑成功不愧为杰出的军事家和政治家，在危急时刻，显示出不同凡响的军事和政治才能，为迎接清军对厦门的进攻做好了一切准备。