郑成功收复台湾后，对投降缴械的侵略者采取宽大政策，照顾他们的生活，并允许他们带走个人财产。揆一领着不足千人的残兵败将狼狈离开了台湾。此后，郑成功废除了荷兰人的殖民制度，改赤嵌楼为承天府，置二县，设安抚司于澎湖，派重兵驻守，总称台湾为东都；为纪念故乡，又改热兰遮城堡为安平镇。同时，郑成功实行屯田政策，令数万军眷随军赴各地大量垦荒，大陆民众也陆续迁往台湾，在台湾南部和西部的彰化、云林、新竹等地形成一大批村镇。他还推广铁犁牛耕等生产技术，使台湾经济迅速发展。郑成功登岛后，对汉民和原住民一视同仁，平等对待，颇受当地各族百姓拥戴。

收复台湾成为郑成功短暂的生命历程中最辉煌的事迹，夺取台湾后不久，永历皇帝朱由榔被杀，永历政权就此灰飞烟灭。郑成功也因内外交困，心力交瘁，于清康熙元年五月初八(1662年6月23日)病卒，时年三十九岁。郑成功一生短暂，但数百年来作为民族英雄受到海内外华人的无比尊敬。美国人詹姆斯·戴维逊在其著作《台湾之过去与现在》中评价郑成功是“东方现代史上最杰出的人物”，有“坚强的意志、如火的热诚”，以极强的能力统帅着手下的各方杂烩。这位光绪年间美国驻台总领事甚至认为，“他不残忍，至少与同时代在战争中功勋卓著的欧洲人比较”是这样。

郑成功去世后，其子郑经由厦门的洪旭、黄廷等人拥立继位，康熙三年（1664年）八月改称台湾为东宁。郑成功子郑经、孙郑克塽前后治理台湾二十一年。郑氏祖孙三代理台，奖励制糖、制盐，兴办工商业，发展贸易，开办学堂，改进原住民的农业生产方式，这些措施极大地推动了台湾经济、文化的发展。经过郑氏政权的经营，台湾摆脱了落后状况，社会进步，经济与大陆富庶地区齐肩，遂成为中国一个美丽富饶的岛屿。此系台湾史上一重要的开发和发展期，史称“明郑时代”。

收复台湾是郑成功戎马生涯中最光辉的业绩，其重大意义在于驱逐了殖民侵略者，维护了中华民族的利益，确保了中国版图的完整性。台湾同胞为纪念郑成功，将郑经原在台湾创建的郑氏家庙称为“开台圣王庙”。光绪元年（1875年）清政府采纳福建船政大臣沈葆桢的建议，将“开台圣王庙”扩建为“延平郡王祠”，列入国家祭典。

郑成功东渡驱逐荷兰人，占领台湾的根本动因是为了给反清复明寻找一个根据地。郑成功进攻南京遭到失败，多年来苦心经营的沿海一带的根据地丧失殆尽，几万大军龟缩于金、厦两个小岛上，清政府又实施海禁政策。可以说，郑成功收复台湾实为形势所迫。在此之前，郑成功与台湾岛上的荷兰人相互间进行过大量的贸易，郑家的私人船队也曾经一度控制东亚和南海的国际贸易，只是因为时事逼人，为建立一个长久稳固的抗清根据地，至少是找个让自己稳定的落脚之地，郑成功必须驱走荷兰入侵者，收复台湾，以完成匡复明朝汉室的大业。如果我们要求郑成功收复台湾的动机必须是为祖国一统，驱逐外虏，要求对于处在绝地求生状态的郑成功具有我们今天意义下的祖国感念，否则就认为他行为的思想意义不高，显然是错误的。必须记住的一个历史事实是，郑成功从外国侵略者手中夺回了台湾，此举对以后的中国意义重大。

清军厦门大败后不久，顺治十八年（1661年）正月初七，顺治皇帝病逝，顺治第三子、年仅八岁的爱新觉罗·玄烨继位，年号康熙，朝政大权落入以鳌拜为首的四辅政大臣的手中。清廷陷入朝政更迭的纷繁事务，无暇顾及对郑成功采取军事行动，正值此时传来郑成功取台的消息。想到郑成功由此可能会以台湾为根据地，与金、厦两地郑军相呼应，今后征剿郑军势必更加困难，清政府之气恼可想而知。急切间却对郑成功无可奈何，只好拿囚禁于北京的郑芝龙出气，顺治十八年（1661年）十月初三，郑芝龙被杀弃市，在京家眷无一幸免。

厦门惨败使清廷认识到郑成功海上实力的强大，深感短时期内消灭郑军绝非可能，为限制郑成功的发展，也为最后消灭郑军创造条件，清政府发布了《迁界令》，即将沿海地区的居民全部迁入内地，增兵防守海疆。由此可知，当时清政府尚无很强的领土主权的观念，海权的概念就更无从谈起了。

《台湾外纪》记载，早在顺治十三年（1656年），投降清廷的郑军将领黄梧就向清政府献“迁界之策”，其主要内容是：郑成功据守金门、厦门两个弹丸小岛，虽屡经清朝大军征讨，却剿之不绝，至今尚有强大之实力，究其原因是沿海民众给予了郑军大量的粮、油、铁、桅船等各种物资的援助。如若将山东、江、浙、闽、粤沿海居民全迁徙入内地，设立边界，布置防守，则郑军得不到物资补给，将不攻自灭。此外，黄梧还提出了“禁海”的建议，即将所有沿海船只全部烧毁，寸板不准下水。所有江河之上都竖起桩栅，不准货物越界，派兵时刻了望，违者立即处死。如此只需半年时间，海贼的船只无法修葺，自然朽烂，而且郑军人数虽然众多，只要粮草不济，自然瓦解，不需交战即可困死郑军。同时，浙闽总督李率泰也上奏道：沿海各省应立下严令，不准许一只船下海，违者立即处以重刑。

顺治皇帝采纳了这些建议，于顺治十三年（1656年）六月颁布了《禁海令》。严格禁止商民船只私自入海，不允许用大陆的产品、货物进行海上贸易，有违禁者，不论官民，俱行正法，货物充公，违令者之财产奖给告发之人；负责执行该禁令的文武各官失查或不追缉，从重治罪；保甲不告发的，即行处死；沿海可停泊舟船的地方，处处严防,不许片帆入海；如有从海上登岸者，失职的防守官员以军法从事，督抚议罪。

禁令虽严，但并没有得到严格执行，仍不断有人与郑军暗通线索，更有贪图厚利者，继续与郑氏贸易往来，而当地的一些官吏也为利益所驱，常有监管不力之事发生。

而迁界之事在《清世祖实录》中有详细记载，顺治十七年（1660年）六月，清军厦门战役失利之后不久，浙江监察御史季振宜旧事重提，又上书分析征伐郑军的形势，建议在禁海的基础上实行迁界。他认为，东南之地本是天下最为富庶之地，全国的赋税大半出于东南，但近年来由于郑军成为闽、浙、江南三省之重患，朝廷屡次用兵，以至各地饱受战火蹂躏，民生凋敝。要想从根本上扫平郑成功，朝廷须耗费大量的人力和物力造船，不习水战的八旗子弟还须冒风波之险前去征战。因此，季振宜建议：闽、浙、江南等地应首先注重防御，而后才行征剿之策。防御之法应以断绝郑军物资来源为主，福建的漳州、泉州、兴化、福州，浙江的温州、台州、宁波、杭州、嘉兴，江南的崇明、江阴、通州、镇江等处，应由督抚镇、都统、章京等官员驻防，各率精兵，严密防守，可使三省之兵声讯相通，互相支援，如此一来，郑军无处可补给，只能坐以待毙。

顺治对此建议十分重视，传旨“此奏内事情关系重大，着议政王、贝勒、大臣会同详察议奏。”顺治十八年（1661）八月，清廷下达《迁海令》，以保证《禁海令》的施行。《迁海令》亦称《迁界令》，是《禁海令》的扩大和补充，是更为严厉的政令，具体内容是：将福建、广东、浙江、江苏、山东、河北六省沿海及各岛屿的居民内迁三十至五十里，居民官兵全部迁移到界线以内，在沿海一带形成一个无人区；沿海滨向内若干里界线由各地官兵划出，并严令军民人等不得私出境外，违者处斩。顺治十八年（1661年），《迁界令》开始实行，清政府勒令东南沿海五省滨海三十里的边民迁离故土，并沿内迁三十里处开挖两丈余深、两丈余宽的壕沟，临沟筑起四尺余厚、八尺余高的城墙，每五里设一个炮台、二个烟墩、三十里屯兵。秦汉时期抵御北方少数民族入侵修筑在草原与田园之间的“长城”，如今修筑到了内陆与海洋之间。

迁界要求三日为期，全部迁移，执行甚为严厉。由于郑成功军队的主要据点在福建，对清政府威胁最大，因而迁界令在福建以及与福建相邻的广东、浙江三省执行得最为严格。《台湾外纪》中载，朝廷的命令从传达之日起，以三日为限，必须全部拆迁，居住偏远的人根本就不知道将行迁界，居住得近的人闻听消息也并不相信，然而刚过了两天，官兵即如狼似虎地前来驱赶，不少百姓来不及收拾任何财产，就被强行驱赶离家，那些督迁的官兵还乘机肆行掠夺。据清初“海外散人”所撰《榕城纪闻》记载，朝廷命令一下，大火烧了两个月，惨不可言。兴州、泉州和漳州三府尤其严重，所迁之民，全都失去生计，颠沛流离，号泣之声凄厉，背夫弃子、失父离妻的人间悲剧随处可见。福建总督范承漠承认，福建地区的绝大多数百姓维持生活的主要方法不是耕种土地，就是下海打鱼，自迁界以来，民田被废弃两万余顷，沿海之房屋化为废墟，出海捕鱼的工具悉数焚毁。老弱妇幼，因冻饿而死，曝尸于荒野者数不胜数，以至于老幼者填于沟壑，荒野中白骨累累。四处逃荒的人更是不计其数，其状惨然。

清廷的第二次迁界于康熙三年（1664年）三月实施。两次迁界，给沿海诸省居民造成巨大的痛苦和经济损失。

清政府实施海禁和迁界举措的根本目的，是希望利用这样一个隔离，对郑成功进行经济封锁，断绝海上贸易往来，阻塞大陆货物的出海渠道，使郑氏集团既不能获取大陆的商品和军用物资，又无法向沿海居民征收粮饷，坐困郑氏集团，令其不战而降。清政府实施的封锁措施确实收到了较为显著的效果。由于海上运输能力的限制，粮饷供应不能满足郑军需求，造成大批郑军降清或逃亡，同时也使郑军不得不加重台湾本土的赋税征敛，对台湾的经济也是一个巨大的消耗，客观上为清廷最后统一台湾创造了条件。但单纯的陆上封锁策略也有一定的局限性，并不能保证完全切断郑军的一切对外经济联系，更何况时间一长，其陆上封锁也会渐渐懈怠。连清政府官员也承认，驻守的官兵有时为了避免麻烦，对过境与郑军进行贸易交往的百姓，常常听之任之，不加干涉。

二十余年的海禁迁界失大于得，弊大于利，这是由于在封锁策略和封锁措施两方面的失误造成的。在封锁策略上，清政府实行单纯的陆上封锁，没能以海上封锁相配合，因而作用有限。从封锁措施来看，清政府采取了大规模禁海迁界，不考虑这些措施会给沿海经济造成的消极影响，阶级本性决定他们没有也不可能有做好善后安置工作、减少民众生命财产损失，其后果是清政府财政收入锐减，民心渐失。

有趣的是，清朝统治者对于自己的文治武功历来是不厌其繁地张扬备至，惟独对于禁海迁界这个涉及东南各省、持续时间长达二十年的重大政策却很少记叙，连《清世祖实录》中也只是寥寥数语，一笔带过。这多少也可以看作是清廷的自省吧。

顺治十八年（1661年）九月，清廷派出钦差大臣前往沿海各省监督《迁界令》的执行情况，出巡福建的钦差大臣是兵部尚书苏纳海。苏纳海，满洲正白旗人，曾任多尔衮的侍卫，参与过将《三国志》译成满文，深知用兵与用人之道。该大臣至闽后，福建即迁沿海居民入内地，离海三十里内的村社田宅尽皆废弃。据《襄壮公传》记载，苏纳海不仅监督实行《迁界令》，还巡视了驻闽的各清军部队，观看了施琅整练兵马的情况。同月的三十日，苏纳海回到京师，即上奏清廷，举荐施琅为总兵。十月二十五日，清廷即擢用施琅署都督佥事、同安总兵官。《八旗通志》中也有类似记载：“兵部侍郎苏纳海至福建清海疆，奇琅，荐之朝。加都佥事，补同安总兵官。”苏纳海的举荐能迅速地得到清廷的准予，不仅是因为施琅有才干，也与当时清廷更加重视对郑军的招抚密切相关。顺治十八年（1661年），清廷发布了《招抚郑成功部下建功来归诏》，诏书写道：郑成功部下之“伪官将士人等，只因陷溺既深，虐焰久锢，自揣罪重，即归正抒诚，恐难邀宽典，踌躇观望，情所必然。朕洞鉴隐衷，深为悃恻。兹特开一面，赦其既往之辜，予以功名之径。”并颁下奖赏标准：“凡伪官将士人等，有能将郑成功生擒来献或斩首来降，必定破格论功，锡封公侯；如不能擒斩郑成功，或擒其妻子，或各率所属伪官兵丁投诚，亦从优叙录，不吝高爵重赏。”